Το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών οργανώνει και λειτουργεί Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στο αντικείμενο της Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης και της Τεχνολογίας. Η χρονική διάρκεια για την απονομή του τίτλου Μ.Δ.Ε. (Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης) ορίζεται σε τέσσερα (4) εξάμηνα η ελάχιστη και έξι (6) η μέγιστη. Η παρακολούθηση του Προγράμματος προϋποθέτει την καταβολή τέλους φοίτησης συνολικού ύψους εξακοσίων (600,000) ευρώ (εκατόν πενήντα ευρώ για κάθε εξάμηνο φοίτησης). Κατά τη διάρκεια των σπουδών τους οι μεταπτυχιακοί σπουδαστές υποχρεούνται να παρακολουθήσουν επιτυχώς έξι (6) μαθήματα και τέσσερα (4) σεμινάρια και να εκπονήσουν μεταπτυχιακή εργασία διπλώματος. Στο Π.Μ.Σ. γίνονται δεκτοί κάτοχοι τίτλου του Α΄ κύκλου σπουδών όλων των Τμημάτων ΑΕΙ της ημεδαπής ή ομοταγών, αναγνωρισμένων από το ΔΟΑΤΑΠ, ιδρυμάτων της ημεδαπής ή ομοταγών αναγνωρισμένων, της αλλοδαπής. Γίνονται επίσης δεκτοί ως υπεράριθμοι, μέλη των κατηγοριών ΕΕΠ, ΕΔΙΠ και ΕΤΕΠ, σύμφωνα με την παρ. 8 του άρθρου 34 του Ν. 4485/17.
Η επιλογή των φοιτητών πραγματοποιείται με βάση την απόδοση των υποψηφίων μεταπτυχιακών φοιτητών σε γραπτές εισαγωγικές εξετάσεις για το Π.Μ.Σ., οι οποίες αφορούν τα ακόλουθα αντικείμενα:
I. Ιστορία της Επιστήμης και της Τεχνολογίας
II. Ιστορία της Φιλοσοφίας
III. Φιλοσοφία της Επιστήμης